Primitiva basílica romana dedicada, según San Eulogio, a los santos Fausto, Januario y Marcial, fue la catedral Cristiana durante la dominación musulmana. Reedificada en tiempos de San Fernando, sólo quedan de aquella época tres ábsides poligonales con bóvedas de crucería, las portadas laterales abocinada pero sin capiteles, y la estructura general del templo. Las primeras noticias que se tienen de su fábrica datan de 1464. Debido a una mala cimentación en el Siglo XVI, Hernán Ruiz II rehizo por completo la fachada, que dando la iglesia con un aspecto totalmente distinto al de sus inicios. En el interior, se conserva la Capilla de los Mártires de Córdoba en la que se guardan las reliquias encontradas en el año 1.575; la Virgen de la Esperanza, del cordobés Gómez de Sandoval (1.713), una talla del Cristo de la Misericordia y una lámpara de plata obra de Lucas Valdés regalada por la ciudad, en el año 1602, a los Mártires de Córdoba. El archivo se conserva en buen estado. La portada es del siglo XVI. Al reducirse, en época de Carlos III, el numero de iglesias en las que podían refugiarse los delincuentes, sólo quedaron en Córdoba esta iglesia y la Catedral.
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